为了解决南通地区煤炭紧缺问题，1971年南通地区组建了南通地区行政公署驻徐州煤矿指挥部，1984年更名为南通市煤炭工业公司。先后在徐州建起了王门煤矿、柳新煤矿和阎台煤矿。由于煤炭资源枯竭，1988年三座煤矿相继关闭。1985年开始，市政府要求煤炭工业公司在南通办企业安置转移人员，先后开办了栟北联合开发公司、扬子建材厂、石墨设备厂、神州陶瓷工业有限公司和工科贸实业公司等企业，2004年所办企业相继关停并转。1988年煤炭工业公司是南通地市政府管理煤炭工业的管理部门，正局级建制。1988年4月，市政府要求转为经济实体，但公司的行政管理职能和经费渠道都没有改变。到1988年煤炭公司一直由市发改委代管。2006年4月，市政府对市煤炭公司比照市属生产经营型事业单位进行了改革。改革后煤炭公司主要承担两方面工作职能：一、职工离退休统管；二、资产、债务善后处理。
2020年初发改委将煤炭公司移交给产控集团管理。同年10月产控集团移交国融公司管理，企业负责人刘金娟。
